為讓園區永續經營，管理局建置了內部控制制度，由「內部控制小組」針對管理局內部之控制環境、風險評估、控制作業、溝通及監督機制，每年做一次評估，確實控管可能造成影響的重大風險，2019年12月30日完成內部控制自行評估報告，17項作業項目落實93%，不適用7% (評估期間無評估重點規範之事項)。

另為落實執行管控機制，由內部稽核任務編組以客觀公正之觀點，協助檢查內部控制之實施狀況，並適時提供改善建議，2019年度內部稽核已於11月20日完成，稽核項目共8項，建議改善項目2項，就稽核發現之優缺點、改善措施及具體興革建議作成內部稽核報告，簽報局長核定後送各單位參考，落實內部控制制度，以減少或避免風險之衝擊，提升營運績效和服務滿意度。

為確保本局資訊資產之機密性、完整性與可用性，以提供安全、穩定及高效率之整體資訊服務，訂定資通安全維護計畫。

南科管理局已通過ISO 27001 認證，致力維護機密資料、實體安全、員工安全及廠商安全管理等各項軟硬體設備，強化機密資訊的分級及管制流程，資安控管遵循訂定之資安管理文件規定辦理，資安事件處理流程如下：

南科管理局實施機房安全管理認證驗測查核，相關認證應以國際共通認證標準為基準，藉以提升安全認證之水平，定期向主管機關提交成果報告。

此外，南科管理局為資安責任等級B級機關，除遵循行政院及所屬各機關資安管理規範外，亦辦理下列工作事項，以防潛在資安威脅，並提升資安防護水準。

每年對員工及承攬商做資訊安全宣導及教育訓練，若人員違反機密資訊管理規定，將進行調查並依情節輕重給予不同處分，2019年無資訊洩漏之情事發生。