南科管理局依法規,提供員工失能、養老、死亡、眷屬喪葬、生育及育嬰留職停薪保險給付,當同仁有留職停薪需求時,如育嬰、侍親、進修等,根據「公務人員留職停薪辦法」及相關福利規定辦理,除保障同仁的應有的權益,輔以各項制度考核、進修補助與宣導訓練營造職場持續學習成長的環境,並安排多元有趣的參訪、讀書會與社團休閒等員工同樂活動,期望建構兼顧同仁身心健康的和樂職場,進而轉換提供服務好品質。
南科管理局給薪不因性別而有所差異,且保障薪資100%高於「勞動基準法」所定之最低工資,調薪幅度比依「公務人員俸給法」規定,另考績及年終工作獎金、慰問金發給皆依「公務人員考績法」及「108年軍公教人員年終工作獎金及慰問金發給注意事項」規定辦理。
定期依「公務人員考績法」辦理績效審查,除了人事、政風、主計*1和留職停薪人員外,全員*2均受年終考績或考核檢視;聘用人員則以工作績效考核通知書進行考核。
南科管理局關心每位同仁,有健康的身心才能提供良好的服務效能,依「公務人員協會法」規定保障同仁參與集會和社團活動之自由,管理局也補貼文康活動費用,主動鼓勵同仁自主成立各項社團舉行假日休閒活動。
2019年配合端午節節慶於6月5日舉辦「果雕比賽」,透過團隊活動凝聚向心力及激勵同仁士氣。另外,桌球社於2月20日舉辦「桌球比賽」、踏青社於6月1日辦理「小崗山踏青活動」,藉由社團活動鼓勵同仁培養運動習慣、抒發工作壓力,並增進同仁情感交流、豐富生活內涵。
參照「行政院及所屬各機關公務人員休假改進措施」相關規定,統計向政府申請旅遊消費補助,2019年度申請國民旅遊卡補助人數,含聘用人員及工友共119人。另於同仁生日前夕,由局長親自簽名生日賀卡,並配合局內活動發送生日禮金。2019年度無遭「公務人員保障暨培訓委員會」撤銷再申訴及復審案件。