南科管理局依法規，提供員工失能、養老、死亡、眷屬喪葬、生育及育嬰留職停薪保險給付，當同仁有留職停薪需求時，如育嬰、侍親、進修等，根據「公務人員留職停薪辦法」及相關福利規定辦理，除保障同仁的應有的權益，輔以各項制度考核、進修補助與宣導訓練營造職場持續學習成長的環境，並安排多元有趣的參訪、讀書會與社團休閒等員工同樂活動，期望建構兼顧同仁身心健康的和樂職場，進而轉換提供服務好品質。

南科管理局給薪不因性別而有所差異，且保障薪資100%高於「勞動基準法」所定之最低工資，調薪幅度比依「公務人員俸給法」規定，另考績及年終工作獎金、慰問金發給皆依「公務人員考績法」及「108年軍公教人員年終工作獎金及慰問金發給注意事項」規定辦理。

定期依「公務人員考績法」辦理績效審查，除了人事、政風、主計*¹和留職停薪人員外，全員*²均受年終考績或考核檢視；聘用人員則以工作績效考核通知書進行考核。

南科管理局關心每位同仁，有健康的身心才能提供良好的服務效能，依「公務人員協會法」規定保障同仁參與集會和社團活動之自由，管理局也補貼文康活動費用，主動鼓勵同仁自主成立各項社團舉行假日休閒活動。

2019年配合端午節節慶於6月5日舉辦「果雕比賽」，透過團隊活動凝聚向心力及激勵同仁士氣。另外，桌球社於2月20日舉辦「桌球比賽」、踏青社於6月1日辦理「小崗山踏青活動」，藉由社團活動鼓勵同仁培養運動習慣、抒發工作壓力，並增進同仁情感交流、豐富生活內涵。

參照「行政院及所屬各機關公務人員休假改進措施」相關規定，統計向政府申請旅遊消費補助，2019年度申請國民旅遊卡補助人數，含聘用人員及工友共119人。另於同仁生日前夕，由局長親自簽名生日賀卡，並配合局內活動發送生日禮金。2019年度無遭「公務人員保障暨培訓委員會」撤銷再申訴及復審案件。