南科管理局的採購分為工程、財物及勞務三項，供應商、承包商與商業夥伴選擇，均依據「政府採購法」相關規定公開招標，投標案全部皆要進行資格篩選，若有任何公告違反情事發生，則不予採用；除共同供應契約允許採用地緣較近之廠商外，不會限制或特別遴選當地廠商，環工中心、再生中心及高雄污水廠自行委託民營之部份則依公司營運模式辦理。

採購契約依「政府採購法」及「機關優先採購環境保護產品辦法」規定辦理，應於合約中載明符合勞動基準法有關人權之條款，管理局2019年度工程採購案43件、勞務採購案106件、財物採購案35件，得標廠商100％為臺灣當地廠商，當地供應商採購金額約5,473,433,239元。

南科管理局透過上游各類供應商所提供之服務，結合管理局自身整合與媒合能力，為園區廠商創造永續經營之利潤。與此同時，我們回饋社會群體，與南科管理局價值鏈夥伴共享共榮。

南科管理局每月均針對園區內營建工程現況進行巡查，檢視工區是否符合「營建工程空氣污染防制設施管理辦法」各項規定，並規劃「營建工地空氣污染防制設施管理辦法查核表單」，若與規定內容不符之情形，即當場告知施工單位配合管理辦法改善，並進行後續複查。

工區查核作業可有效減少營建工程因違反「營建工程空氣污染防制設施管理辦法」而遭受裁罰的情形，並可減少工區揚塵或造成周邊路面污染等影響。2019年台南園區公共工程及廠商工程共計16處，總查核次數達120次；高雄園區公共工程及廠商工程共計6處，總查核次數達46次。