科技部三大使命之一為「發展科學園區」，即加速科學園區建設，強化廠商研發能量，吸引廠商進駐投資；建構研發、創新、生產製造一體之高附加價值產業聚落，帶動地方產業發展及就業率，形成高科技產業創新走廊，促進臺灣成為全球創新研發中心。南部科學園區即屬西部高科技走廊的南部重要發展聚落。

依循科技施政重點包含規劃國家科技發展政策、政府科技發展計畫之規劃、評量考核及科技預算之審議，支援學術研究並推動基礎及應用科技研究、強化學研界之創新研發能量、建構優質研發環境、培育科技人才、加強產學鏈結、創新園區發展動能等，同時增進研發成果對於學術卓越、產業升級、經濟發展、環境永續與社會民生福祉之效益。後續南科管理局將更積極協助產業創新與轉型，提升廠商競爭力，未來展望重點如下：

配合行政院推動產業創新發展並掌握數位智慧化之世界趨勢，以科技支援產業創新，加強產業關鍵技術研發，進而帶動產業之轉型升級；扶植新創，投入AI 技術開發，將AI 技術應用於廠商製程。

補足半導體等產業供應鏈缺口，鎖定招商目標，打造完整產業聚落，持續強化科學園區產業群聚的優勢競爭力。

辦理新設橋頭園區及台南園區擴建，確保產業用地供應無虞；規劃建置IOT 資安虚擬園區，協助廠商導入物聯網並建置完善之資安防護系統。

完善產學平台工具，提供多元技術人才管道，利用產業計畫資源，搭接產研、產學之橋樑，協助廠商媒介人才進行交流活動。

推動自駕公車及室內定位技術與職安衛之整合應用，展現園區先進科技成果，降低廠商營運風險，提升園區整體形象。

有好工作，也要有好生活，將整合區內與周邊各領域團體舉辦特色活動，另高雄園區將引進便利商店，提升生活便利性；結合南科考古館，聯名推介廠商鼓勵員工入館，型塑科技與人文意象。