南部科學園區持續擴建,廠商進駐及營業額增加,對於能資源需求上升影響使用強度亦隨之提高。為穩定園區事業單位能資源使用,南科管理局定期統計與管控能耗情形,確保符合環評核定標準量。
企業的取水和耗水量、以及排水的水質可能會造成生態系統的衝擊。因此,管理局協助園區事業全面了解自身的用水狀況,透過世界資源研究所的「水資源風險評估工具」WATER RISK ATLAS,查詢所在地點台南園區及高雄園區,皆為Low - Medium(1-2),顯示園區事業取水並無造成生態環境的重大衝擊。
南科管理局於2020年進行2019年度溫室氣體盤查,盤查組織邊界分別為台南園區及高雄園區,共計二氧化碳總計7,104,389.0850公噸,因2019年度有園區事業進行擴廠,溫室氣體亦隨著產能提升而增加了4.2%之溫室氣體排放量,南科管理局正積極展開節能輔導措施,期望能夠減輕環境負擔。