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園區事業能資源管理
能源使用
南部科學園區持續擴建，廠商進駐及營業額增加，對於能資源需求上升影響使用強度亦隨之提高。為穩定園區事業單位能資源使用，南科管理局定期統計與管控能耗情形，確保符合環評核定標準量。
水資源
企業的取水和耗水量、以及排水的水質可能會造成生態系統的衝擊。因此，管理局協助園區事業全面了解自身的用水狀況，透過世界資源研究所的「水資源風險評估工具」WATER RISK ATLAS，查詢所在地點台南園區及高雄園區，皆為Low - Medium(1-2)，顯示園區事業取水並無造成生態環境的重大衝擊。
溫室氣體盤查
南科管理局於2020年進行2019年度溫室氣體盤查，盤查組織邊界分別為台南園區及高雄園區，共計二氧化碳總計7,104,389.0850公噸，因2019年度有園區事業進行擴廠，溫室氣體亦隨著產能提升而增加了4.2%之溫室氣體排放量，南科管理局正積極展開節能輔導措施，期望能夠減輕環境負擔。
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