園區內南科實中、管理局行政大樓、警察大樓、商務會館、防洪抽水站、污水處理廠、資源再生中心、標準廠房等大樓之屋頂架設太陽能板,總計廠商與公部門設置相關統計資料如下表,發電量逐年增加,二氧化碳排放量逐年減少,可知管理局積極在園區內設置太陽能板,以達到環境保護之效果。
除在園區設置太陽能板,為推廣園區太陽能發電,污水廠分別於二期調節池、實驗室及控制中心設置三座太陽能光發電系統,發電容量共158kWp,太陽能發電併入廠內設備系統進行運轉。
南科推動「永續環境、綠色園區」的腳步,持續向前邁進,為達到園區路燈全面LED化之節能減碳與減省公共用電目標,依據經濟部能源局「全臺設置LED路燈技術規範」,並考量現行市面上LED路燈產品之發展技術,選擇適當照度及發光效率,自2010年起陸續分期更換LED路燈, 2018年底台南園區路燈已全面置換為LED燈具計2,870盞,2019年底高雄園區路燈已全面置換為LED燈具計1,603盞。全園區總計汰換4,473盞路燈,另2019年亦有將停車場內照明高燈換置為LED燈具。
南科管理局於2019年12月於台南園區再增加1輛電動巡迴巴士(共7輛),合計平均每日搭乘人數約為701人次,平均每日行駛里程數約618公里,平均每日共可減少柴油使用量約154.5公升(電動車行駛里程/每公升汽油可跑4公里),平均每日約減少402.7公斤二氧化碳排放量。
南科管理局配合環保署及地方政府推動空氣品質淨化區政策,輔導台南園區事業加入台南市政府環保局推動之「柴油車排煙自主管理計畫」,並連續3年榮獲市府肯定。2019年南科管理局累計共掌握2,197輛取得排煙標章。