園區內南科實中、管理局行政大樓、警察大樓、商務會館、防洪抽水站、污水處理廠、資源再生中心、標準廠房等大樓之屋頂架設太陽能板，總計廠商與公部門設置相關統計資料如下表，發電量逐年增加，二氧化碳排放量逐年減少，可知管理局積極在園區內設置太陽能板，以達到環境保護之效果。

除在園區設置太陽能板，為推廣園區太陽能發電，污水廠分別於二期調節池、實驗室及控制中心設置三座太陽能光發電系統，發電容量共158kWp，太陽能發電併入廠內設備系統進行運轉。

南科推動「永續環境、綠色園區」的腳步，持續向前邁進，為達到園區路燈全面LED化之節能減碳與減省公共用電目標，依據經濟部能源局「全臺設置LED路燈技術規範」，並考量現行市面上LED路燈產品之發展技術，選擇適當照度及發光效率，自2010年起陸續分期更換LED路燈， 2018年底台南園區路燈已全面置換為LED燈具計2,870盞，2019年底高雄園區路燈已全面置換為LED燈具計1,603盞。全園區總計汰換4,473盞路燈，另2019年亦有將停車場內照明高燈換置為LED燈具。

南科管理局於2019年12月於台南園區再增加1輛電動巡迴巴士(共7輛)，合計平均每日搭乘人數約為701人次，平均每日行駛里程數約618公里，平均每日共可減少柴油使用量約154.5公升(電動車行駛里程/每公升汽油可跑4公里)，平均每日約減少402.7公斤二氧化碳排放量。

南科管理局配合環保署及地方政府推動空氣品質淨化區政策，輔導台南園區事業加入台南市政府環保局推動之「柴油車排煙自主管理計畫」，並連續3年榮獲市府肯定。2019年南科管理局累計共掌握2,197輛取得排煙標章。