南部科學園區於1995年5月核定籌設,展開南台灣邁向高科技產業發展。建設完整軟硬體公共設施,提供優質投資環境吸引國內外廠商進駐,目前園區的服務範圍有台南園區及高雄園區,致力將園區打造成一個安全又健康,適合逐夢、立業、成家的好所在。
本局屬公務機關,配合2018年6月6日修正公佈之『科學園區設置管理條例』,將「科學工業園區」之「工業」二字刪除,爰再於2019年12月11日修正公佈『科技部南部科學園區管理局』。
科技部南部科學園區管理局,下設局長、副局長、 主任秘書及 投資組、 工商組、 環安組、 營建組、 建管組、 企劃組、 秘書室、 人事室、 主計室、 政風室等10個組室,綜理整個園區事務,各組室功能。
南科管理局為公務機關,所需經費主要用於推展政務、執行公務及維持園區營運,預算來源包含國庫負擔及自行籌措。